新疆兴亚工程建设有限公司成立于1988年7月，原名:昌吉州公路桥梁工程公司，曾隶属交通厅交通建设管理局昌吉管理处、自治区昌吉公路管理局。2012年5月，根据自治区国资委“事企分开”要求，公司进行了改制，改制后公司名称为新疆兴亚工程建设有限公司。